akonadi bouffe 50% des ressources CPU

akonadi bouffe 50% des ressources CPU [Réglé]

Pierre13100 Membre non connecté

Le 23/08/2017 à 09h54

Bonjour à tous.

Je confirme : même problème..
Réception du contenu du dossier / Veuillez patienter. Et on n'en sort pas.
Moi j'ai refait une installation propre de MAGEIA 6, une nouvelle config, avec un home distinct, et j'ai importé les messages de l'ancien /home/xxxx/.local/share/local-mail sauvegardé.
Ça a pas trop mal marché au début, mais depuis avant-hier c'est devenu ingérable.
J'avais à l'origine une erreur sur la table MySQL innodb_table_stats avec le champ TimeStamp mal défini d'après MySQL (déjà plusieurs fois reportée dans ce forum). Mais maintenant, c'est carrément :

Code TEXT :

2017-08-23  9:02:23 139960125151296 [ERROR] Can't open and lock privilege tables: Table 'mysql.servers' doesn't exist
2017-08-23  9:02:23 139960125151296 [Warning] Can't open and lock time zone table: Table 'mysql.time_zone_leap_second' doesn't exist trying to live without them
2017-08-23  9:02:23 139960124709632 [Warning] Failed to load slave replication state from table mysql.gtid_slave_pos: 1146: Table 'mysql.gtid_slave_pos' doesn't exist
2017-08-23  9:02:23 139960125151296 [Note] Reading of all Master_info entries succeded
2017-08-23  9:02:23 139960125151296 [Note] Added new Master_info '' to hash table
2017-08-23  9:02:23 139960125151296 [Note] /usr/sbin/mysqld: ready for connections.
Version: '10.1.25-MariaDB'  socket: '/tmp/akonadi-pmalicet.PENSKd/mysql.socket'  port: 0  Mageia MariaDB Server
2017-08-23 09:02:23 7f4b017adb00 InnoDB: Error: Table "mysql"."innodb_table_stats" not found.

Mariadb n'était pas installé. Après installation, et démarrage mêmes erreurs de tables non trouvées...

Cela semble prouver :
1 - que akonadi gère sa propre base de données. D'alleurs, dans sa dernière mouture, la console akonadi ne propose plus d'utiliser un serveur interne ou externe.
2 - que cette gestion est probablement celle d'une base de données MySQL, mais que son implémentation pose problème.

Je vais désinstaller akonadi, purger les fichiers de configuration en conservant les fichiers de données et le réinstaller. On verra bien...
Je vous tiens au courant.

Informaticien, expert judiciaire - Mageia dernière version, hexacore INTEL et 32 Go de mémoire

Pierre13100 Membre non connecté

Le 24/08/2017 à 08h58

#230796

Bonjour à tous.
Comme indiqué précédemment, j'ai désinstallé akonadi, supprimé ses fichiers de configuration et sa base de données, puis recréé.
J'ai immédiatement après lancé un akonadiselftest. ; voici le rapport d'erreur mysql produit :

Code TEXT :

2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: innodb_empty_free_list_algorithm has been changed to legacy because of small buffer pool size. In order to use backoff, increase buffer pool at least up to 20MB.
 
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Using mutexes to ref count buffer pool pages
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: The InnoDB memory heap is disabled
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Mutexes and rw_locks use GCC atomic builtins
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: GCC builtin __atomic_thread_fence() is used for memory barrier
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Compressed tables use zlib 1.2.11
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Using Linux native AIO
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Using SSE crc32 instructions
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Initializing buffer pool, size = 80.0M
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Completed initialization of buffer pool
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] [color=#800000[b]]InnoDB: The first specified data file ./ibdata1 did not exist: a new database to be created![/b][/color]
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Setting file ./ibdata1 size to 12 MB
2017-08-23 11:44:22 140327753611328 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile101 size to 64 MB
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Setting log file ./ib_logfile1 size to 64 MB
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Renaming log file ./ib_logfile101 to ./ib_logfile0
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Warning] InnoDB: New log files created, LSN=45883
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer not found: creating new
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Doublewrite buffer created
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: 128 rollback segment(s) are active.
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Warning] InnoDB: Creating foreign key constraint system tables.
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Foreign key constraint system tables created
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Creating tablespace and datafile system tables.
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: [color=#E3007B][b]Tablespace and datafile system tables created.[/b][/color]
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB: Waiting for purge to start
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] InnoDB:  Percona XtraDB (http://www.percona.com) 5.6.36-82.0 started; log sequence number 0
2017-08-23 11:44:23 140327394473728 [Note] InnoDB: Dumping buffer pool(s) not yet started
2017-08-23 11:44:23 140327753611328[color=#E3007B][b] [ERROR] Can't open and lock privilege tables: Table 'mysql.servers' doesn't exist[/b][/color]
2017-08-23 11:44:23 14032775361132[color=#E3007B][b]8 [Warning] Can't open and lock time zone table: Table 'mysql.time_zone_leap_second' doesn't exist trying to live without them
2017-08-23 11:44:23 140327753169664 [Warning] Failed to load slave replication state from table mysql.gtid_slave_pos: 1146: Table 'mysql.gtid_slave_pos' doesn't exist[/b][/color]
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] Reading of all Master_info entries succeded
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] Added new Master_info '' to hash table
2017-08-23 11:44:23 140327753611328 [Note] /usr/sbin/mysqld: ready for connections.
Version: '10.1.25-MariaDB'  socket: '/tmp/akonadi-pmalicet.ThW8Er/mysql.socket'  port: 0  Mageia MariaDB Server
2017-08-23 11:44:24 7fa099d7fb00[color=#E3007B][b] InnoDB: Error: Table "mysql"."innodb_table_stats" not found.[/b][/color]
2017-08-23 11:44:24 7fa099d7fb00 InnoDB: Recalculation of persistent statistics requested for table "akonadi"."collectiontable" index "CollectionTable_parentAndNameIndex" but the required persistent statistics storage is not present or is corrupted. Using transient stats instead.
......
.

Il semble bien qu'un bug soit présent lors de la création de l'environnement base de données par akonadi et que certaines tables (en particulier les tables mysql.servers et innodb_table_stats) manquent à l'appel après exécution du script.
J'ai tenté de retrouver les tables MariaDB utilisées par akonadi, mais je ne trouve rien qui ressemble aux tables satandard de mysql, en particulier pas la table principale mysql.

Entre les anciennes versions d'akonadi et la version actuelle, le contenu du répertoire .local/sfare/akonadi/db_data a considérablement évolué ; Si le contenu du sous-répertoire akonadi est le même, il existait dans les anciennes versions les répertoires mysql et performance_schema qui ont disparu. J'ai bien envie de recréer les répertoires en question avec des tables vidées de leur contenu, puis de relancer akonadi.

Votre opinion ?

Bien cordialement

Pierre

Informaticien, expert judiciaire - Mageia dernière version, hexacore INTEL et 32 Go de mémoire

Papoteur Membre non connecté

Modérateur Équipe Mageia Administrateur Forgeron

Le 24/08/2017 à 19h22

#230845

Code BASH :

[yves@Zenbook ~]$ ls -lsa ~/.local/share/akonadi
total 32
4 drwxrwxr-x  5 yves yves 4096 août  24 10:53 ./
4 drwxr-xr-x 41 yves yves 4096 août  24 18:25 ../
4 -rw-rw-r--  1 yves yves  102 août  24 08:24 akonadi_control.error.old
0 -rw-r--r--  1 yves yves    0 août  24 10:53 akonadictl.error.old
4 -rw-rw-r--  1 yves yves  102 août  24 08:24 akonadiserver.error.old
4 drwxrwxr-x  3 yves yves 4096 août  24 08:24 db_data/
4 drwxrwxr-x  2 yves yves 4096 août  19 10:06 db_misc/
4 drwxrwxr-x  5 yves yves 4096 août  22 21:49 file_db_data/
4 -rw-rw-r--  1 yves yves 3422 août  19 10:06 mysql.conf
0 lrwxrwxrwx  1 yves yves   24 août  24 08:24 socket-Zenbook.yves -> /tmp/akonadi-yves.yFd64r/
[yves@Zenbook ~]$ ls -lsa ~/.local/share/akonadi/db_data
total 208980
    4 drwxrwxr-x 3 yves yves     4096 août  24 08:24 ./
    4 drwxrwxr-x 5 yves yves     4096 août  24 10:53 ../
    4 drwx------ 2 yves yves     4096 août  19 10:06 akonadi/
   16 -rw-rw---- 1 yves yves    16384 août  23 22:52 aria_log.00000001
    4 -rw-rw---- 1 yves yves       52 août  23 22:52 aria_log_control
77828 -rw-rw---- 1 yves yves 79691776 août  24 18:54 ibdata1
65536 -rw-rw---- 1 yves yves 67108864 août  24 18:54 ib_logfile0
65536 -rw-rw---- 1 yves yves 67108864 août  19 10:06 ib_logfile1
    0 -rw-rw---- 1 yves yves        0 août  19 10:06 multi-master.info
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     2418 août  24 08:24 mysql.err
   16 -rw-rw-r-- 1 yves yves    14287 août  24 08:24 mysql.err.old
   24 -rw-rw---- 1 yves yves    24576 août  24 08:24 tc.log
    4 -rw-rw---- 1 yves yves        5 août  24 08:24 Zenbook.pid
[yves@Zenbook ~]$ ls -lsa ~/.local/share/akonadi/db_data/a
akonadi/           aria_log.00000001  aria_log_control   
[yves@Zenbook ~]$ ls -lsa ~/.local/share/akonadi/db_data/akonadi/
total 13032
    4 drwx------ 2 yves yves     4096 août  19 10:06 ./
    4 drwxrwxr-x 3 yves yves     4096 août  24 08:24 ../
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1522 août  19 10:06 collectionattributetable.frm
  128 -rw-rw---- 1 yves yves   131072 août  23 10:14 collectionattributetable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1463 août  19 10:06 collectionmimetyperelation.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  23 10:14 collectionmimetyperelation.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1462 août  19 10:06 collectionpimitemrelation.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 collectionpimitemrelation.ibd
   40 -rw-rw---- 1 yves yves    38790 août  19 10:06 collectiontable.frm
  192 -rw-rw---- 1 yves yves   196608 août  23 10:14 collectiontable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves       61 août  19 10:06 db.opt
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1692 août  19 10:06 flagtable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 flagtable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1692 août  19 10:06 mimetypetable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 mimetypetable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     2588 août  19 10:06 parttable.frm
10244 -rw-rw---- 1 yves yves 10485760 août  22 21:54 parttable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1968 août  19 10:06 parttypetable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  22 21:49 parttypetable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1945 août  19 10:06 pimitemflagrelation.frm
  128 -rw-rw---- 1 yves yves   131072 août  19 10:06 pimitemflagrelation.ibd
    8 -rw-rw---- 1 yves yves     4428 août  19 10:06 pimitemtable.frm
  580 -rw-rw---- 1 yves yves   589824 août  24 08:24 pimitemtable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1455 août  19 10:06 pimitemtagrelation.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 pimitemtagrelation.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     2255 août  19 10:06 relationtable.frm
  160 -rw-rw---- 1 yves yves   163840 août  19 10:06 relationtable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1692 août  19 10:06 relationtypetable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 relationtypetable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1721 août  19 10:06 resourcetable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  22 21:33 resourcetable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves      470 août  19 10:06 schemaversiontable.frm
   96 -rw-rw---- 1 yves yves    98304 août  19 10:06 schemaversiontable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1515 août  19 10:06 tagattributetable.frm
  128 -rw-rw---- 1 yves yves   131072 août  19 10:06 tagattributetable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1735 août  19 10:06 tagremoteidresourcerelationtable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 tagremoteidresourcerelationtable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     2247 août  19 10:06 tagtable.frm
  128 -rw-rw---- 1 yves yves   131072 août  19 10:06 tagtable.ibd
    4 -rw-rw---- 1 yves yves     1692 août  19 10:06 tagtypetable.frm
  112 -rw-rw---- 1 yves yves   114688 août  19 10:06 tagtypetable.ibd

Yves

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