Problème installation paquets R [Réglé]
Warning in install.packages
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TuX-Shadow Membre non connecté
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J’ai un problème d’installation de paquets dans R.
J’ai installé Rstudio version 1.2.5042 révision 6.mga8 Arch x86_64. Je n’est pas de problème d’installation à proprement parler en ce qui concerne R 4.0.3 et Rstudio 1,2,5042. Ils fonctionnent dans l’état, cependant il m’est impossible d’installer un paquet avec la commande install.packages("name_packages") ou R CMD INSTALL ...
Il me trouve les miroirs et me télécharge les fichier tar.gz demandé et leurs dépendances
exemple :
essai de l'URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/magrittr_2.0.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 265580 bytes (259 KB)
==================================================
downloaded 259 KB
installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** libs
sh: ligne 1: make : commande introuvable
Warning in system(cmd) : erreur lors de l'exécution d'une commande
ERROR: compilation failed for package ‘magrittr’
* removing ‘/home/shadow/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/magrittr’
Warning in install.packages :
installation of package ‘magrittr’ had non-zero exit status
R ne m’arrive pas à les installer, les paquets sont donc finalement stocké dans : etc/
Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/RtmpmE7HA9/downloaded_packages’
There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)
Il manque des librairies j’ai donc installer celle que je pouvais tel que : lib64zlib-devel ou encore lib64xml2-devel… mais je n’est pas trouvé la libcurl-devel…
Warning in install.packages :
installation of package ‘stringi’ had non-zero exit status
* installing *source* package ‘xml2’ ...
** package ‘xml2’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
Package libxml-2.0 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libxml-2.0.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
Package 'libxml-2.0', required by 'virtual:world', not found
Package libxml-2.0 was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing `libxml-2.0.pc'
to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
Package 'libxml-2.0', required by 'virtual:world', not found
/usr/lib64/R/bin/config: ligne 180: make : commande introuvable
...
/usr/lib64/R/bin/config: ligne 332: make : commande introuvable
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lxml2
J’ai regardé : pkg_config… mais mon niveau s’arrête là !
J’ai crue comprendre que les fichiers Renviron et Rprofile semble corrigé le tire… Mais j’ai pas encore tout compris des INCLUDE_DIR et LIB_DIR et des options associer tel que -L (Liée différentes chemin d’accès au libraire) et -I (pour inclure)
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libxml-2.0 was not found. Try installing:
* deb: libxml2-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libxml2-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libxml2_dev (Solaris)
If libxml-2.0 is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libxml-2.0.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
Je ne sais pas vraiment si le problème de compilation viens du faite qu’il ne me trouve pas les librairies ou si cela viens d’ailleurs tel un problème d’incompatibilité de version entre R et les paquets.
Voila mon Renviron (mais cela ne change absolument rien)
R_LIBS_USER="~/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/"
LIB_DIR="/urs/lib64/ -L/usr/lib/"
INCLUDE_DIR="/urs/include/ -I/usr/include"
Avez-vous une ou des solutions ainsi que de la documentation pour ce type de problème ?
Merci d’avance.
Jybz Membre non connecté
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pour "installer" (compiler) les plugins, il manque des dépendances.
On va devoir le faire récursivement, traquer chaque truc manquant par itération.
Première itération :
Code BASH :
su - urpmi make lib64curl-devel exit
nic80 Membre non connecté
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Citation :
/usr/lib64/R/bin/config: ligne 180: make : commande introuvable
En fait l' installation est dans la ligne de Jybz précédente.
TuX-Shadow Membre non connecté
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Je vais faire cela mais je pense que le problème viens aussi d'ailleurs ...
Il a réussit a installer certain paquets mais R me renvoie des messages erreurs telque
x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c colorspace.c -o colorspace.o
et toujours ça
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
* deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
alors que les librairies sont bien installé
Les paquetages make-4.3-2.mga8.x86_64, lib64xml2-devel-2.9.10-7.2.mga8.x86_64 sont déjà installés
Les paquetages make-4.3-2.mga8.x86_64, lib64curl-devel-7.74.0-1.2.mga8.x86_64 sont déjà installés
probablement que je lui est mal indiqué ou trouver les librairies ?
Merci encore
TuX-Shadow Membre non connecté
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http://rpmfind.net/linux/RPM/mageia/cauldron/x86_64/media/core/release/R-base-4.0.3-4.mga8.x86_64.html
Merci à vous pour la commande !
Jybz Membre non connecté
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TuX-Shadow :
je vais chercher de ce coté là :
http://rpmfind.net/linux/RPM/mageia/cauldron/x86_64/media/core/release/R-base-4.0.3-4.mga8.x86_64.html
http://rpmfind.net/linux/RPM/mageia/cauldron/x86_64/media/core/release/R-base-4.0.3-4.mga8.x86_64.html
Ce coté là est un peu inutile. Pourquoi prendre des paquets sur rpmfind qui viennent eux-même des dépots de Mageia ?
Jybz Membre non connecté
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TuX-Shadow :
Merci beaucoup Jybz !
Je vais faire cela mais je pense que le problème viens aussi d'ailleurs ...
Il a réussit a installer certain paquets mais R me renvoie des messages erreurs telque
Je vais faire cela mais je pense que le problème viens aussi d'ailleurs ...
Il a réussit a installer certain paquets mais R me renvoie des messages erreurs telque
Code :
x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c colorspace.c -o colorspace.o
Ce n'est pas une erreur, c'est juste un message montrant la commande et les arguments utilisés. Là en l’occurrence, ça a compilé colorspace.
TuX-Shadow :
et toujours ça
alors que les librairies sont bien installé
Les paquetages make-4.3-2.mga8.x86_64, lib64xml2-devel-2.9.10-7.2.mga8.x86_64 sont déjà installés
Les paquetages make-4.3-2.mga8.x86_64, lib64curl-devel-7.74.0-1.2.mga8.x86_64 sont déjà installés
probablement que je lui est mal indiqué ou trouver les librairies ?
et toujours ça
Code :
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
* deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
alors que les librairies sont bien installé
Les paquetages make-4.3-2.mga8.x86_64, lib64xml2-devel-2.9.10-7.2.mga8.x86_64 sont déjà installés
Les paquetages make-4.3-2.mga8.x86_64, lib64curl-devel-7.74.0-1.2.mga8.x86_64 sont déjà installés
probablement que je lui est mal indiqué ou trouver les librairies ?
Étrange, c'est pourtant bien là :
lib64curl-devel:/usr/lib64/pkgconfig/libcurl.pc
à tout hasard, comme je lis :
Citation :
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable
on ne risque rien en tentant la réinstallation de pgk-config :
Code BASH :
urpmi pkgconf-pkg-config
Yuusha Membre non connecté
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Oups désolé je ne l'avais pas vue.
Édité par Yuusha Le 07/07/2021 à 13h22
TuX-Shadow Membre non connecté
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Jybz :
Ce coté là est un peu inutile. Pourquoi prendre des paquets sur rpmfind qui viennent eux-même des dépots de Mageia ?
Oui effectivement mais cela me permet de voir l'ensemble des libraires dont j'ai besoin et faire quelques vérifications
J'en était à une conclusion de ce genre avec pkg-config mais j'avais un doute sur le faite que cela soit risqué alors j'ai pas voulus tenté avant d'en savoir un peut plus .
Merci !
TuX-Shadow Membre non connecté
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Le paquetage pkgconf-pkg-config-1.7.3-2.mga8.x86_64 est déjà installé
Marque pkgconf-pkg-config comme étant manuellement installé, il ne sera pas considéré comme un paquet orphelin
writing /var/lib/rpm/installed-through-deps.list
Jybz Membre non connecté
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pkg-config est installé et devrait fonctionner.
libcurl est installé et devrait fonctionner avec pkg-config.
Peux tu détailler le processus pour faire ces installation de plugin pour que j'essaie ?
Que donne :
Code BASH :
ls /tmp/RtmpmE7HA9/downloaded_packages
TuX-Shadow Membre non connecté
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ne me donne rien car j'ai effacer le tmp/ mais peut import avec un autre paquet :
exemple : ls /tmp/RtmpRLpGP1/downloaded_packages
cela m'affiche bien tout les tar.gz (le package et ses dépendances)
il ne m'arrive pas à les compiler... mais il les stocks dans tmp/
une fois installer R et Rstudio on tape dans la console R
install.packages("nom_du_package")
on peut éventuellement ajouté un booléen par exemple
install.packages("nom_du_package", dependencies = TRUE)
voici l'ensemble des informations et option de cette commande :
(attention version R-3.6.2 cela à peut-être changé depuis la R-4.0.3 : je ne lès connaissait pas toutes
https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages
Jybz Membre non connecté
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TuX-Shadow :
ls /tmp/RtmpmE7HA9/downloaded_packages
ne me donne rien car j'ai effacer le tmp/ mais peut import avec un autre paquet :
exemple : ls /tmp/RtmpRLpGP1/downloaded_packages
cela m'affiche bien tout les tar.gz (le package et ses dépendances)
il ne m'arrive pas à les compiler... mais il les stocks dans tmp/
ne me donne rien car j'ai effacer le tmp/ mais peut import avec un autre paquet :
exemple : ls /tmp/RtmpRLpGP1/downloaded_packages
cela m'affiche bien tout les tar.gz (le package et ses dépendances)
il ne m'arrive pas à les compiler... mais il les stocks dans tmp/
Comme je n'ai pas le retour de la commande ou une similaire, je ne vais pas pouvoir aider.
TuX-Shadow :
une fois installer R et Rstudio on tape dans la console R
install.packages("nom_du_package")
on peut éventuellement ajouté un booléen par exemple
install.packages("nom_du_package", dependencies = TRUE)
voici l'ensemble des informations et option de cette commande :
(attention version R-3.6.2 cela à peut-être changé depuis la R-4.0.3 : je ne lès connaissait pas toutes
https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages
une fois installer R et Rstudio on tape dans la console R
install.packages("nom_du_package")
on peut éventuellement ajouté un booléen par exemple
install.packages("nom_du_package", dependencies = TRUE)
voici l'ensemble des informations et option de cette commande :
(attention version R-3.6.2 cela à peut-être changé depuis la R-4.0.3 : je ne lès connaissait pas toutes
https://www.rdocumentation.org/packages/utils/versions/3.6.2/topics/install.packages
Ah ça c'est un bon début pour aider. Mais je ne connais aucun paquet. Tu souhaite installer lequel ?
Jybz Membre non connecté
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Code TEXT :
$ R
R version 4.0.3 (2020-10-10) -- "Bunny-Wunnies Freak Out"
Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-mageia-linux-gnu (64-bit)
R est un logiciel libre livré sans AUCUNE GARANTIE.
Vous pouvez le redistribuer sous certaines conditions.
Tapez 'license()' ou 'licence()' pour plus de détails.
R est un projet collaboratif avec de nombreux contributeurs.
Tapez 'contributors()' pour plus d'information et
'citation()' pour la façon de le citer dans les publications.
Tapez 'demo()' pour des démonstrations, 'help()' pour l'aide
en ligne ou 'help.start()' pour obtenir l'aide au format HTML.
Tapez 'q()' pour quitter R.
> install.packages("stringi")
Warning in install.packages("stringi") :
'lib = "/usr/lib64/R/library"' ne peut être ouvert en écriture
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel) yes
Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0’
to install packages into? (yes/No/cancel) yes
--- SVP sélectionner un miroir CRAN pour cette session ---
essai de l'URL 'https://cran.irsn.fr/src/contrib/stringi_1.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 7575370 bytes (7.2 MB)
==================================================
downloaded 7.2 MB
* installing *source* package ‘stringi’ ...
** package ‘stringi’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
checking for R_HOME... /usr/lib64/R
checking for R... /usr/lib64/R/bin/R
checking for endianness... little
checking for R >= 3.1.0 for C++11 use... yes
checking for R < 3.4.0 for CXX1X flag use... no
checking for cat... /usr/bin/cat
checking for local ICUDT_DIR... icu69/data
checking for gcc... x86_64-mageia-linux-gnu-gcc
checking whether the C compiler works... yes
checking for C compiler default output file name... a.out
checking for suffix of executables...
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of object files... o
checking whether we are using the GNU C compiler... yes
checking whether x86_64-mageia-linux-gnu-gcc accepts -g... yes
checking for x86_64-mageia-linux-gnu-gcc option to accept ISO C89... none needed
checking how to run the C preprocessor... x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -E
checking for grep that handles long lines and -e... /usr/bin/grep
checking for egrep... /usr/bin/grep -E
checking for ANSI C header files... yes
checking for sys/types.h... yes
checking for sys/stat.h... yes
checking for stdlib.h... yes
checking for string.h... yes
checking for memory.h... yes
checking for strings.h... yes
checking for inttypes.h... yes
checking for stdint.h... yes
checking for unistd.h... yes
checking elf.h usability... yes
checking elf.h presence... yes
checking for elf.h... yes
checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes
checking whether x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 accepts -g... yes
checking whether the C++ compiler supports the long long type... yes
checking whether the compiler implements namespaces... yes
checking whether the compiler supports Standard Template Library... yes
checking whether std::map is available... yes
checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config
checking with pkg-config for the system ICU4C... 68.2
checking for ICU4C >= 55... yes
checking for additional required CPPFLAGS, LDFLAGS, and LIBS... done
checking whether an ICU4C-based project can be built... yes
checking programmatically for sufficient U_ICU_VERSION_MAJOR_NUM... yes
checking programmatically if U_CHARSET_IS_UTF8 is defined and set... yes
checking the capabilities of the ICU data library (ucnv, uloc, utrans)... yes
checking the capabilities of the ICU data library (ucol)... yes
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
config.status: creating src/uconfig_local.h
config.status: creating src/install.libs.R
*** stringi configure summary:
ICU_FOUND=1
STRINGI_CXXSTD=CXX_STD=CXX11
STRINGI_CFLAGS= -fPIC
STRINGI_CPPFLAGS=-I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H
STRINGI_CXXFLAGS= -fpic
STRINGI_LDFLAGS=-L/usr/lib64
STRINGI_LIBS=-licui18n -licuuc -licudata
*** Compiler settings used:
CC=x86_64-mageia-linux-gnu-gcc
LD=x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11
CFLAGS=-O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -fPIC
CPPFLAGS=-I/usr/local/include -UDEBUG -DNDEBUG
CXX=x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11
CXXFLAGS=-O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -fpic
LDFLAGS=
LIBS=
** libs
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_brkiter.cpp -o stri_brkiter.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_collator.cpp -o stri_collator.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_common.cpp -o stri_common.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_compare.cpp -o stri_compare.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_base.cpp -o stri_container_base.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_bytesearch.cpp -o stri_container_bytesearch.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_listint.cpp -o stri_container_listint.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_listraw.cpp -o stri_container_listraw.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_listutf8.cpp -o stri_container_listutf8.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_regex.cpp -o stri_container_regex.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_usearch.cpp -o stri_container_usearch.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_utf16.cpp -o stri_container_utf16.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_utf8.cpp -o stri_container_utf8.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_container_utf8_indexable.cpp -o stri_container_utf8_indexable.o
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x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_stringi.cpp -o stri_stringi.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_sub.cpp -o stri_sub.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_test.cpp -o stri_test.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_time_zone.cpp -o stri_time_zone.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_time_calendar.cpp -o stri_time_calendar.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_time_symbols.cpp -o stri_time_symbols.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_time_format.cpp -o stri_time_format.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_trans_casemap.cpp -o stri_trans_casemap.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_trans_other.cpp -o stri_trans_other.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_trans_normalization.cpp -o stri_trans_normalization.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_trans_transliterate.cpp -o stri_trans_transliterate.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_ucnv.cpp -o stri_ucnv.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_uloc.cpp -o stri_uloc.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_utils.cpp -o stri_utils.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I. -UDEBUG -DNDEBUG -DU_HAVE_ELF_H -I/usr/local/include -fpic -fpic -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c stri_wrap.cpp -o stri_wrap.o
x86_64-mageia-linux-gnu-g++ -std=gnu++11 -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,--as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-O1 -Wl,--build-id -Wl,--enable-new-dtags -o stringi.so stri_brkiter.o stri_collator.o stri_common.o stri_compare.o stri_container_base.o stri_container_bytesearch.o stri_container_listint.o stri_container_listraw.o stri_container_listutf8.o stri_container_regex.o stri_container_usearch.o stri_container_utf16.o stri_container_utf8.o stri_container_utf8_indexable.o stri_encoding_conversion.o stri_encoding_detection.o stri_encoding_management.o stri_escape.o stri_exception.o stri_ICU_settings.o stri_join.o stri_length.o stri_pad.o stri_prepare_arg.o stri_random.o stri_reverse.o stri_search_class_count.o stri_search_class_detect.o stri_search_class_extract.o stri_search_class_locate.o stri_search_class_replace.o stri_search_class_split.o stri_search_class_startsendswith.o stri_search_class_subset.o stri_search_class_trim.o stri_search_common.o stri_search_coll_count.o stri_search_coll_detect.o stri_search_coll_extract.o stri_search_coll_locate.o stri_search_coll_replace.o stri_search_coll_split.o stri_search_coll_startsendswith.o stri_search_coll_subset.o stri_search_boundaries_count.o stri_search_boundaries_extract.o stri_search_boundaries_locate.o stri_search_boundaries_split.o stri_search_fixed_count.o stri_search_fixed_detect.o stri_search_fixed_extract.o stri_search_fixed_locate.o stri_search_fixed_replace.o stri_search_fixed_split.o stri_search_fixed_subset.o stri_search_fixed_startsendswith.o stri_search_in.o stri_search_other_split.o stri_search_regex_count.o stri_search_regex_detect.o stri_search_regex_extract.o stri_search_regex_locate.o stri_search_regex_match.o stri_search_regex_replace.o stri_search_regex_split.o stri_search_regex_subset.o stri_sort.o stri_stats.o stri_stringi.o stri_sub.o stri_test.o stri_time_zone.o stri_time_calendar.o stri_time_symbols.o stri_time_format.o stri_trans_casemap.o stri_trans_other.o stri_trans_normalization.o stri_trans_transliterate.o stri_ucnv.o stri_uloc.o stri_utils.o stri_wrap.o -L/usr/lib64 -licui18n -licuuc -licudata -L/usr/lib64/R/lib -lR
installing via 'install.libs.R' to /home/jybz/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/00LOCK-stringi/00new/stringi
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (stringi)
Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/RtmpT0aWUI/downloaded_packages’
>
"DONE(stringi)" je suppose que c'est bon non ? Je n'ai pas trouvé d'erreur avec libcurl.
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Forgeron
Code TEXT :
> install.packages("magrittr")
Installation du package dans ‘/home/jybz/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0’
(car ‘lib’ n'est pas spécifié)
essai de l'URL 'https://cran.irsn.fr/src/contrib/magrittr_2.0.1.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 265580 bytes (259 KB)
==================================================
downloaded 259 KB
* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** libs
x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c pipe.c -o pipe.o
x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c utils.c -o utils.o
x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,--as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-O1 -Wl,--build-id -Wl,--enable-new-dtags -o magrittr.so pipe.o utils.o -L/usr/lib64/R/lib -lR
installing to /home/jybz/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/00LOCK-magrittr/00new/magrittr/libs
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
*** copying figures
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (magrittr)
Les packages source téléchargés sont dans
‘/tmp/RtmpT0aWUI/downloaded_packages’
Pas de problème non plus.
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