Problème installation paquets R [Réglé]
Warning in install.packages
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J'ai essayé avec le second paquet mentionné "magrittr" :Code TEXT :
> install.packages("magrittr") Installation du package dans ‘/home/jybz/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0’ (car ‘lib’ n'est pas spécifié) essai de l'URL 'https://cran.irsn.fr/src/contrib/magrittr_2.0.1.tar.gz' Content type 'application/x-gzip' length 265580 bytes (259 KB) ================================================== downloaded 259 KB * installing *source* package ‘magrittr’ ... ** package ‘magrittr’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées ** using staged installation ** libs x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c pipe.c -o pipe.o x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I/usr/local/include -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c utils.c -o utils.o x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -shared -L/usr/lib64/R/lib -Wl,--as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-O1 -Wl,--build-id -Wl,--enable-new-dtags -o magrittr.so pipe.o utils.o -L/usr/lib64/R/lib -lR installing to /home/jybz/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/00LOCK-magrittr/00new/magrittr/libs ** R ** inst ** byte-compile and prepare package for lazy loading ** help *** installing help indices *** copying figures ** building package indices ** installing vignettes ** testing if installed package can be loaded from temporary location ** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries ** testing if installed package can be loaded from final location ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path * DONE (magrittr) Les packages source téléchargés sont dans ‘/tmp/RtmpT0aWUI/downloaded_packages’
Pas de problème non plus.
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checking for R >= 3.1.0 for C++11 use... yes
...
/usr/lib64/R/bin/config: line 180: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 181: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 182: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 183: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 184: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 332: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 180: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 181: make: command not found
/usr/lib64/R/bin/config: line 182: make: command not found
...
/usr/lib64/R/bin/config: line 332: make: command not found
...
checking for local ICUDT_DIR... icu69/data
checking for gcc... no
du coup j'ai pas mal de lecture :
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#Installation
entre autre et le fichier de configuration dans : /usr/lib64/R/bin/config
au moins j'en saurais un peut plus sur comment c'est codé, configuré et a administré ... si j'y arrive un jour ...
"Il l'a fait car il ne savait pas que c'était impossible"

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Code TEXT :
su - urpmi make exit
car la commande make est dans le paquet make, s'il n'est pas installé, impossible de compiler.
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mais de mon coté j'ai :
> install.packages("stringi")
Installing package into ‘/home/shadow/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0’
(as ‘lib’ is unspecified)
essai de l'URL 'https://cran.rstudio.com/src/contrib/stringi_1.6.2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 7575370 bytes (7.2 MB)
==================================================
downloaded 7.2 MB
* installing *source* package ‘stringi’ ...
** package ‘stringi’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
checking for R_HOME... /usr/lib64/R
checking for R... /usr/lib64/R/bin/R
checking for endianness... little
checking for R >= 3.1.0 for C++11 use... yes
checking for R < 3.4.0 for CXX1X flag use... no
checking for cat... /usr/bin/cat
checking for local ICUDT_DIR... icu69/data
checking for gcc... x86_64-mageia-linux-gnu-gcc
checking whether the C compiler works... no
configure: error: in `/tmp/RtmpNeVjXN/R.INSTALL345021833c66/stringi':
configure: error: C compiler cannot create executables
See `config.log' for more details
ERROR: configuration failed for package ‘stringi’
* removing ‘/home/shadow/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/stringi’
Warning in install.packages :
installation of package ‘stringi’ had non-zero exit status
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpY2v55k/downloaded_packages’
"Il l'a fait car il ne savait pas que c'était impossible"

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stringi_1.6.2.tar.gz
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rpm -qa | grep gcc
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libgcc1-10.3.0-1.mga8
j'ai essayé avec un paquet "bayesbio" cela fonction
* installing *source* package ‘bayesbio’ ...
** package ‘bayesbio’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (bayesbio)
mais avec d'autres paquets exemple : "readxl" cela ne marche pas ... un problème avec les dépendances
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TuX-Shadow :
[shadow@localhost ~]$ rpm -qa | grep gcc
libgcc1-10.3.0-1.mga8
libgcc1-10.3.0-1.mga8
Que ça ? Rien de plus ? As tu attendu 2 minutes ? Est-ce que ça a rendu le prompt ?
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* installing *source* package ‘rlang’ ...
** package ‘rlang’ correctement décompressé et sommes MD5 vérifiées
** using staged installation
** libs
x86_64-mageia-linux-gnu-gcc -I"/usr/lib64/R/include" -DNDEBUG -I./lib/ -I/usr/local/include -fvisibility=hidden -fPIC -O2 -g -pipe -Wformat -Werror=format-security -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fstack-protector --param=ssp-buffer-size=4 -fasynchronous-unwind-tables -c capture.c -o capture.o
/bin/sh: ligne 1: x86_64-mageia-linux-gnu-gcc : commande introuvable
make: *** [/usr/lib64/R/etc/Makeconf:172 : capture.o] Erreur 127
ERROR: compilation failed for package ‘rlang’
* removing ‘/home/shadow/R/x86_64-mageia-linux-gnu-library/4.0/rlang’
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[shadow@localhost ~]$ rpm -qa | grep gcc
libgcc1-10.3.0-1.mga8
[shadow@localhost ~]$
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TuX-Shadow :
/bin/sh: ligne 1: x86_64-mageia-linux-gnu-gcc : commande introuvable
/bin/sh: ligne 1: x86_64-mageia-linux-gnu-gcc : commande introuvable
Ah ça confirme "rien que ça".
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urpmi task-c-devel task-c++-devel gcc-cpp gcc-c++ gcc-10
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Le problème est résolus !
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