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Bonjour à tous !

Voilà, j'ai entendu dire qu'un médecin ne pouvait pas ouvrir un résultat d'un scanner car il n'a pas de logiciel pour l'ouvrir. (Ça sent l'ignorance malheureusement...)
Bref, j'ai fait quelques recherche, les fichiers DCM


Très rapidement, on trouve une librairie déjà dans Mageia : dcmtk (pour Dicom Tool Kit).
J'ai pu dans un premier temps à l'aide d'un script extraire les 500 coupes, mais "comment reproduire un modèle 3D" ?
J'ai continué mes recherches et je suis tombé sur l'excellent logiciel Amide !
http://amide.sourceforge.net/ Et on remercie Andy Loening pour son travail remarquable !

Cependant... Le monde évolue plus vite qu'il ne peut suivre, et la dernière version stable n'est plus compatible avec les dernières librairies :/ Et les paquets rpm sont prévu pour Fedora :/ (donc des dépendances qu'on ne pourra pas (enfin que je ne sais pas) satisfaire).

Alors voici comment j'ai procédé...

Il faut installer :
hg
dcmtk
dcmtk-devel
ffmpeg-devel
gnome-doc-utils
gnome-vfs2-devel
gsl-progs
lib64gnomecanvas2-devel
intltool
lib64gnomecanvas2_0
lib64gsl23
(les noms de paquets sont a vérifier)

Volpack est disponible ici : (oui, ce n'est pas chez Mageia) (on prend le SRPM)
https://sourceforge.net/projects/amide/files/volpack/1.0c7/
XMedCon (on prends le SRPM)
https://xmedcon.sourceforge.io/Main/Download
On prends la version instable (en cours de développement) de AMIDE :
https://sourceforge.net/p/amide/code/ci/default/tree/amide-current/
Ou, après avoir installé hg, on le télécharge :

On récupère le fichier amide.spec :

On renomme le dossier :

puis on compresse le dossier courant en un fichier tar.gz avec l'extension tgz.


On configure rpmbuild pour construire nos paquets : (source : https://wiki.mageia.org/en/Construire_des_paquetages_RPM-fr#T.C3.A2ches_pr.C3.A9liminaires )

et on continue avec le fichier .rpmmacros à créer dans votre répertoire personnel contenant :


Maintenant... On s'amuse !
On copie nos fichiers qu'on a téléchargé (les srpms) dans le dossier ~/rpmbuild/SRPMS :

on copie le fichier amide.spec dans le dossier ~/rpmbuild/SPECS :

et on copie le fichier tar.gz dans le dossier SOURCES :


Actuellement, les paquets ne peuvent pas être construit, car leur recette (fichier .spec) n'est pas adapté pour Mageia. Au lieux de les chercher, on va lancer les commandes de constructions qui échoueront, mais nous donneront les fichiers specs (héhé)


Nous trouverons deux fichiers dans ~/rpmbuild/SPECS, celuis de volpack et celui de xmedcon.
On les ouvre tous les deux et modifie la ligne contenant %configure, ainsi :

devient :

Après avoir modifié les deux specs, on peut les reconstruire :

(Je n'ai pas le temps de déboguer, je souhaites aller me coucher, je bâcle un peu ce poste... Impossible de construire le paquet pour volpack, il manque une précision à la ligne de compilation d'utiliser la librairie math -lm et il ne trouve pas les fonctions racine, sinus, cosinus... Veuillez installer le fichier .rpm et -devel.rpm de volpack qu'on peut télécharger du site web où on a télécharger le fichier .src.rpm, si je trouve la solution dans 3 semaines j'éditerai ce poste.)
Une fois construit, on les trouvera dans ~/rpmbuild/RPMS/x86_64 (ou i586 si vous êtes en 32bits maintenant il faut les installer, et leurs "-devel" aussi !


Maintenant... Il faut modifier le fichier amide.spec

Dans la section "Requires:" on remplace :

par :

Dans "BuildRequires:", on remplace la ligne :

par
BuildRequires: lib64gnomecanvas2-devel

et finalement, on remplace :

par :


Enfin, on peut construire le paquet :


et après dix bonne minutes (mon PC avait un coup de mou !) l'installer simplement :


On le démarre : menu K → Graphisme → Amide
Lorsqu'on l'ouvre, nous arrivons directement dans un projet vierge, il suffit de faire File→Import File→Dicom, parmis les quelques centaines de fichier, prenez en un quelconque, Amide les ouvrira tous.
Amusez vous !
(J'ai bien fait de faire un copier coller du message avant de poster ! Jeton invalide ! Haha !)

Après un premier échec de construction de paquet volpack :
faite une sauvegarde du fichier :
cp ~/rpmbuild/BUILD/volpack-1.0c7/configure.in ~/rpmbuild/BUILD/volpack-1.0c7/configure.in
Modifier le fichier ~/rpmbuild/BUILD/volpack-1.0c7/configure.in
insérer entre :

quatre vérifications :


On créé un fichier de différence qu'on ajoute au sources

Voilà, on vient de créer un patch.

On modifie le fichier spec volpack.spec :
À la ligne dessous "Source0:" on ajoute :

puis juste après %setup -n %{name}-%{version}
on ajoute :


On peut reconstruire le paquet avec :
rpmbuild -ba --clean ./volpack.spec
et ENFIN l'installer avec
cd /home/utilisateur/rpmbuild/RPMS/x86_64/
urpmi volpack-devel-1.0c7-1.x86_64.rpm volpack-1.0c7-1.x86_64.rpm

Il y a encore du chemin Jybz avant d'être empaqueteur pour Mga !

Petite illustration :

Ce crâne de génie !

Il m'a l'air vide ce crâne! Regarde, il y a comme un trou noir à la place du cerveau!

Peut être, mais tu es sur la bonne voie !
J'aurais utilisé une autre méthode, plutôt que rpmbuild -ba
Tu crées ton répertoire par exemple :
amide-rpm
Tu y mets dedans SPECS/amide.spec et SOURCES/amide-x.y.z.gz
tu te places dans le répertoire SPEC et tu lances bm -l
bm est un outil de Mageia pour faciliter l'usage de rpmbuild. L'avantage est de travailler dans des répertoires isolés, pour chaque source.

Bon, c'est beaucoup trop compliqué pour moi tout cela.
Au passage, petit HS, lorsque l'établissement de santé nous donne un lien WEB pour consulter les images (avec identifiant, mot de passe), il est possible de visualiser l'enchaînement des images et, également, de faire un export, partiel ou total, en DCM ou JPEG. Enfin, pour les scanners, pas de problème, pour l'IRM, je n'ai pas réussi à extraire du JPEG (la fonctionnalité est là, mais pas de suite), mais que du DCM.
Question : sans vouloir créer une cinématique de consultation, est-ce qu'il est possible de visualiser une seule image DCM avec un logiciel approprié tout simple (genre visionneuse ou logiciel photo) ?

Normalement, c'est le principe d'amide.

Tu ne peux pas simplement installer les RPM que j'ai fourni ?
AHHHH Mais je ne les ai pas fourni !

installe ces trois là premièrement, s'il manque quelque chose, installes le, si ce n'est pas chez mageia, dis le moi.
volpack-1.0c7-1.x86_64.rpm
xmedcon-0.16.2-1.x86_64.rpm

Puis installe celui là, et normalement, ça devrait être bon.
amide-1.0.6-2.mga7.x86_64.rpm

Cela vaudrait la peine d'en faire un article de wiki non ?
Merci pour ce travail.

Bien... pas vraiment ? Ce qui vaut la peine, c'est que je suive la formation pour devenir empaqueteur, ou qu'un empaqueteur prenne le relais pour l'intégrer à Mageia.
Car une fois installer, ça devient un logiciel comme un autre. Faut-il une page wiki sur l'utilisation d'un logiciel ?
Il y en a t'il une sur l'utilisation de LibreOffice ?
C'est vrai que le logiciel est un peu exotique... Peut-être qu'un article serait la bienvenue ? Je n'ai pas idée...

Quel serait le sujet de la page wiki ?
Les images médicales ?
La création d'un paquet RPM ?
L'utilisation du logiciel Amide ?

LibreOffice est très utilisé, mais j'ai vu sur le wiki de MLO des pages dessus (obsolètes d'ailleurs).



Oui, car j'imagine qu'il doit manquer un peu de biscuits sur le sujet ET ça mettrait en valeur ce qu'il y a dans Mageia.



De toute façon, si ce n'est fait, la création d'un paquet RPM. Mais une page sur le logiciel Amide serait une bonne idée.

Concernant les images médicales, il faudrait voir e que ça pose comme problématique particulière.

Apparemment, volpack , xmedcon et amide sont bien dans ma liste des logiciels installés du Centre de Contrôle Mageia.
Amide apparaît dans la liste des favoris, je peux le lancer, mais quand j'actionne la plupart des fonctions, il plante sans laisser de message apparent.

Je ne sais pas où on va hein ! Le débogage d'application graphique, je ne connais pas.

Peux tu lancer cette commande depuis un terminal :

G_MESSAGES_DEBUG=all amide | tee -a ~/informations.log

puis nous copier/coller le contenu du fichier informations.log du dossier utilisateur ici sur le forum, de préférence entre les balises [ code] [ /code] (sans espace).

Voilà, c'est un peu long (la commande lance Amide, mais l'accès à la commande fichier le fait planter) :
PS : je crois qu'il ne faut pas mettre d'espace avant code.

L'accès à la commande fichier fait planter ? Sans erreurs ?
C'est dommage, rien n'indique un problème...

Oui, c'est que je voulais dire avec (sans espace), mais si je l'écrivais sans espace, le forum aurait interprété les balises et affihcé un espace dans un block code, sans afficher la syntaxe de la balise.

Qu'est-ce qu'il faudrait faire pour qu'il apparaisse dans la liste des applications affichées suite à clic droit sur un fichier dcm ?
PS : Amide apparait bien dans les applications du centre de contrôle, je peux le mettre dans les favoris, mais il n'est pas dans la liste recensée dans le menu contextuel.

Édité par mabthera Le 12/10/2019 à 14h18