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Logiciels » Graphisme photo et vidéo Ouvrir les images médicales Ouvrir des fichiers dcm

Jybz Membre non connecté

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Le 07/09/2019 à 22h03
Bonjour à tous !

Voilà, j'ai entendu dire qu'un médecin ne pouvait pas ouvrir un résultat d'un scanner car il n'a pas de logiciel pour l'ouvrir. (Ça sent l'ignorance malheureusement...)
Bref, j'ai fait quelques recherche, les fichiers DCM
Code BASH :
$ file ./3DSlice9.dcm
./3DSlice9.dcm: DICOM medical imaging data
 


Très rapidement, on trouve une librairie déjà dans Mageia : dcmtk (pour Dicom Tool Kit).
J'ai pu dans un premier temps à l'aide d'un script extraire les 500 coupes, mais "comment reproduire un modèle 3D" ?
J'ai continué mes recherches et je suis tombé sur l'excellent logiciel Amide !
http://amide.sourceforge.net/ Et on remercie Andy Loening pour son travail remarquable !

Cependant... Le monde évolue plus vite qu'il ne peut suivre, et la dernière version stable n'est plus compatible avec les dernières librairies :/ Et les paquets rpm sont prévu pour Fedora :/ (donc des dépendances qu'on ne pourra pas (enfin que je ne sais pas) satisfaire).

Alors voici comment j'ai procédé...

Il faut installer :
hg
dcmtk
dcmtk-devel
ffmpeg-devel
gnome-doc-utils
gnome-vfs2-devel
gsl-progs
lib64gnomecanvas2-devel
intltool
lib64gnomecanvas2_0
lib64gsl23
(les noms de paquets sont a vérifier)

Volpack est disponible ici : (oui, ce n'est pas chez Mageia) (on prend le SRPM)
https://sourceforge.net/projects/amide/files/volpack/1.0c7/
XMedCon (on prends le SRPM)
https://xmedcon.sourceforge.io/Main/Download
On prends la version instable (en cours de développement) de AMIDE :
https://sourceforge.net/p/amide/code/ci/default/tree/amide-current/
Ou, après avoir installé hg, on le télécharge :
Code TEXT :
mkdir ~/tmp/
cd tmp
hg clone http://hg.code.sf.net/p/amide/code amide-code

On récupère le fichier amide.spec :
Code TEXT :
mv ./amide-current/amide.spec ./amide.spec

On renomme le dossier :
Code TEXT :
mv ./amide-current ./amide-1.0.6

puis on compresse le dossier courant en un fichier tar.gz avec l'extension tgz.
Code TEXT :
tar -zcvf amide-1.0.6.tgz ./amide-1.0.6


On configure rpmbuild pour construire nos paquets : (source : https://wiki.mageia.org/en/Construire_des_paquetages_RPM-fr#T.C3.A2ches_pr.C3.A9liminaires )
Code TEXT :
mkdir -p ~/rpmbuild/{BUILD,RPMS,SOURCES,SRPMS,SPECS,tmp}

et on continue avec le fichier .rpmmacros à créer dans votre répertoire personnel contenant :
Code TEXT :
%_topdir                %(echo $HOME)/rpm
%_tmppath               %(echo $HOME)/rpmbuild/tmpbuild
 
# If you want your packages to be GPG signed automatically, add these three lines
# replacing 'Mageialinux' with your GPG name. You may also use rpm --resign
# to sign the packages later.
%_signature             gpg
%_gpg_name              Mageialinux
%_gpg_path              ~/.gnupg
 
# Add your name and e-mail into the %packager field below. You may also want to
# also replace vendor with yourself.
%packager               John Doe <foo@mail.invalid>
%distribution           Mageia Linux
%distributor            Mageia.org
 
# If you want your packages to have your own distsuffix instead of mdv, add it
# here like this
#%distsuffix             foo


Maintenant... On s'amuse !
On copie nos fichiers qu'on a téléchargé (les srpms) dans le dossier ~/rpmbuild/SRPMS :
Code TEXT :
mv ~/Téléchargements/*.src.rpm ~/rpmbuild/SRPMS/

on copie le fichier amide.spec dans le dossier ~/rpmbuild/SPECS :
Code TEXT :
mv ~/tmp/amide.spec ~/rpmbuild/SPECS/

et on copie le fichier tar.gz dans le dossier SOURCES :
Code TEXT :
mv ~/tmp/amide-1.0.6.tgz ~/rpmbuild/SOURCES/


Actuellement, les paquets ne peuvent pas être construit, car leur recette (fichier .spec) n'est pas adapté pour Mageia. Au lieux de les chercher, on va lancer les commandes de constructions qui échoueront, mais nous donneront les fichiers specs (héhé)
Code TEXT :
rpmbuild --rebuild ./xmedcon-0.16.2-1.src.rpm
rpmbuild --rebuild ./volpack-1.0c7-1.src.rpm


Nous trouverons deux fichiers dans ~/rpmbuild/SPECS, celuis de volpack et celui de xmedcon.
On les ouvre tous les deux et modifie la ligne contenant %configure, ainsi :
Code TEXT :
%build
%configure
make

devient :
Code TEXT :
%build
%configure2_5x
make

Après avoir modifié les deux specs, on peut les reconstruire :
Code TEXT :
rpmbuild -ba --clean ./xmedcon.spec
rpmbuild -ba --clean ./volpack.spec

(Je n'ai pas le temps de déboguer, je souhaites aller me coucher, je bâcle un peu ce poste... Impossible de construire le paquet pour volpack, il manque une précision à la ligne de compilation d'utiliser la librairie math -lm et il ne trouve pas les fonctions racine, sinus, cosinus... Veuillez installer le fichier .rpm et -devel.rpm de volpack qu'on peut télécharger du site web où on a télécharger le fichier .src.rpm, si je trouve la solution dans 3 semaines j'éditerai ce poste.)
Une fois construit, on les trouvera dans ~/rpmbuild/RPMS/x86_64 (ou i586 si vous êtes en 32bits ;) maintenant il faut les installer, et leurs "-devel" aussi !
Code TEXT :
su -
<MDP root>
cd /home/utilisateur/rpmbuild/RPMS/x86_64/
urpmi xmedcon-0.16.2-1.x86_64.rpm xmedcon-devel-0.16.2-1.x86_64.rpm


Maintenant... Il faut modifier le fichier amide.spec
Code TEXT :
kwrite ~/rpmbuild/SPECS/amide.spec

Dans la section "Requires:" on remplace :
Code TEXT :
Requires:   libgnomecanvas
Requires:   gsl
Requires:   ffmpeg-libs

par :
Code TEXT :
#Requires:   libgnomecanvas
Requires:   lib64gnomecanvas2_0
 
#Requires:   ffmpeg-libs
Requires:   lib64avcodec58
Requires:   lib64avfilter7
Requires:   lib64avformat58
Requires:   lib64avresample4
Requires:   lib64avutil56
Requires:   lib64postproc55
Requires:   lib64swresample3
Requires:   lib64swscaler5
 
#Requires:   gsl
Requires:   lib64gsl23
Requires:   gsl-progs

Dans "BuildRequires:", on remplace la ligne :
Code TEXT :
BuildRequires:  libgnomecanvas-devel 

par
BuildRequires: lib64gnomecanvas2-devel

et finalement, on remplace :
Code TEXT :
%build
%configure \

par :
Code TEXT :
%build
autoreconf --verbose -f -i
%configure2_5x \


Enfin, on peut construire le paquet :
Code TEXT :
rpmbuild -ba --clean ./amide.spec


et après dix bonne minutes (mon PC avait un coup de mou !) l'installer simplement :
Code TEXT :
urpmi amide amide-1.0.6-2.mga7.x86_64.rpm


On le démarre : menu K → Graphisme → Amide
Lorsqu'on l'ouvre, nous arrivons directement dans un projet vierge, il suffit de faire File→Import File→Dicom, parmis les quelques centaines de fichier, prenez en un quelconque, Amide les ouvrira tous.
Amusez vous !
(J'ai bien fait de faire un copier coller du message avant de poster ! Jeton invalide ! Haha !)
   
Jybz Membre non connecté

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Inscrit le : 10/10/2018 à 10h26

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Le 07/09/2019 à 22h45
Après un premier échec de construction de paquet volpack :
faite une sauvegarde du fichier :
cp ~/rpmbuild/BUILD/volpack-1.0c7/configure.in ~/rpmbuild/BUILD/volpack-1.0c7/configure.in
Modifier le fichier ~/rpmbuild/BUILD/volpack-1.0c7/configure.in
insérer entre :
Code TEXT :
AC_SUBST(LIBVERSION)
 
AC_PROG_INSTALL

quatre vérifications :
Code TEXT :
AC_SUBST(LIBVERSION)
 
AC_SEARCH_LIBS([sqrt], [m])
AC_SEARCH_LIBS([sincos], [m])
AC_SEARCH_LIBS([exp], [m])
AC_SEARCH_LIBS([pow], [m])
 
AC_PROG_INSTALL


On créé un fichier de différence qu'on ajoute au sources
Code TEXT :
gendiff ./ .bak >../../SOURCES/volpack-mathlib.patch

Voilà, on vient de créer un patch.

On modifie le fichier spec volpack.spec :
À la ligne dessous "Source0:" on ajoute :
Code TEXT :
Patch0: volpack-mathlib.patch

puis juste après %setup -n %{name}-%{version}
on ajoute :
Code TEXT :
%setup -n %{name}-%{version}
%patch0 -p0


On peut reconstruire le paquet avec :
rpmbuild -ba --clean ./volpack.spec
et ENFIN l'installer avec
cd /home/utilisateur/rpmbuild/RPMS/x86_64/
urpmi volpack-devel-1.0c7-1.x86_64.rpm volpack-1.0c7-1.x86_64.rpm

Il y a encore du chemin Jybz avant d'être empaqueteur pour Mga ! ;)
   
Jybz Membre non connecté

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Inscrit le : 10/10/2018 à 10h26

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Le 08/09/2019 à 11h46
Petite illustration :
screenshot_20190908_114502
Ce crâne de génie !
   
stroibe974 Membre non connecté

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Inscrit le : 13/08/2018 à 16h22

Localisation : Réunion

Messages: 1008

Le 08/09/2019 à 14h17
Jybz :

Ce crâne de génie !


Il m'a l'air vide ce crâne! Regarde, il y a comme un trou noir à la place du cerveau! :blub:


Mageia 7 (64bits) - Plasma - Intel Core i7-8700K @ 3.70Ghz - 16Go RAM
frenchmageiauser_9c2c8
   
Papoteur Membre non connecté

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Modérateur Équipe Mageia

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Localisation : Metz

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Le 08/09/2019 à 15h17
Jybz :
Il y a encore du chemin Jybz avant d'être empaqueteur pour Mga ! ;)

Peut être, mais tu es sur la bonne voie !
J'aurais utilisé une autre méthode, plutôt que rpmbuild -ba
Tu crées ton répertoire par exemple :
amide-rpm
Tu y mets dedans SPECS/amide.spec et SOURCES/amide-x.y.z.gz
tu te places dans le répertoire SPEC et tu lances bm -l
bm est un outil de Mageia pour faciliter l'usage de rpmbuild. L'avantage est de travailler dans des répertoires isolés, pour chaque source.


Yves
   
mabthera Membre non connecté

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Inscrit le : 10/06/2019 à 11h58

Messages: 70

Le 09/10/2019 à 11h45
Bon, c'est beaucoup trop compliqué pour moi tout cela.
Au passage, petit HS, lorsque l'établissement de santé nous donne un lien WEB pour consulter les images (avec identifiant, mot de passe), il est possible de visualiser l'enchaînement des images et, également, de faire un export, partiel ou total, en DCM ou JPEG. Enfin, pour les scanners, pas de problème, pour l'IRM, je n'ai pas réussi à extraire du JPEG (la fonctionnalité est là, mais pas de suite), mais que du DCM.
Question : sans vouloir créer une cinématique de consultation, est-ce qu'il est possible de visualiser une seule image DCM avec un logiciel approprié tout simple (genre visionneuse ou logiciel photo) ?
   
Jybz Membre non connecté

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Modérateur

Inscrit le : 10/10/2018 à 10h26

Messages: 1911

Le 09/10/2019 à 11h57
mabthera :
Question : sans vouloir créer une cinématique de consultation, est-ce qu'il est possible de visualiser une seule image DCM avec un logiciel approprié tout simple (genre visionneuse ou logiciel photo) ?

Normalement, c'est le principe d'amide.

Tu ne peux pas simplement installer les RPM que j'ai fourni ?
AHHHH Mais je ne les ai pas fourni !

installe ces trois là premièrement, s'il manque quelque chose, installes le, si ce n'est pas chez mageia, dis le moi.
volpack-1.0c7-1.x86_64.rpm
xmedcon-0.16.2-1.x86_64.rpm

Puis installe celui là, et normalement, ça devrait être bon.
amide-1.0.6-2.mga7.x86_64.rpm
   
Ysabeau Membre non connecté

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Inscrit le : 09/08/2015 à 17h23

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Le 09/10/2019 à 12h41
Cela vaudrait la peine d'en faire un article de wiki non ?
Merci pour ce travail.


OS préféré Mageia 6 (LXDE) et 7 (XFCE), CMS préféré SPIP, suite bureautique préférée LibreOffice, logiciel de dessin préféré Inkscape.
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Jybz Membre non connecté

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Inscrit le : 10/10/2018 à 10h26

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Le 09/10/2019 à 15h08
Ysabeau :
Cela vaudrait la peine d'en faire un article de wiki non ?
Merci pour ce travail.

Bien... pas vraiment ? Ce qui vaut la peine, c'est que je suive la formation pour devenir empaqueteur, ou qu'un empaqueteur prenne le relais pour l'intégrer à Mageia.
Car une fois installer, ça devient un logiciel comme un autre. Faut-il une page wiki sur l'utilisation d'un logiciel ?
Il y en a t'il une sur l'utilisation de LibreOffice ?
C'est vrai que le logiciel est un peu exotique... Peut-être qu'un article serait la bienvenue ? Je n'ai pas idée...

Quel serait le sujet de la page wiki ?
Les images médicales ?
La création d'un paquet RPM ?
L'utilisation du logiciel Amide ?
   
Ysabeau Membre non connecté

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Le 10/10/2019 à 17h32
Jybz :

Car une fois installer, ça devient un logiciel comme un autre. Faut-il une page wiki sur l'utilisation d'un logiciel ?
Il y en a t'il une sur l'utilisation de LibreOffice ?


LibreOffice est très utilisé, mais j'ai vu sur le wiki de MLO des pages dessus (obsolètes d'ailleurs).

Jybz :
C'est vrai que le logiciel est un peu exotique... Peut-être qu'un article serait la bienvenue ? Je n'ai pas idée...


Oui, car j'imagine qu'il doit manquer un peu de biscuits sur le sujet ET ça mettrait en valeur ce qu'il y a dans Mageia.

Jybz :
Quel serait le sujet de la page wiki ?
Les images médicales ?
La création d'un paquet RPM ?
L'utilisation du logiciel Amide ?


De toute façon, si ce n'est fait, la création d'un paquet RPM. Mais une page sur le logiciel Amide serait une bonne idée.

Concernant les images médicales, il faudrait voir e que ça pose comme problématique particulière.


OS préféré Mageia 6 (LXDE) et 7 (XFCE), CMS préféré SPIP, suite bureautique préférée LibreOffice, logiciel de dessin préféré Inkscape.
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mabthera Membre non connecté

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Inscrit le : 10/06/2019 à 11h58

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Le 11/10/2019 à 16h28
Jybz :
installe ces trois là premièrement, s'il manque quelque chose, installes le, si ce n'est pas chez mageia, dis le moi.
volpack-1.0c7-1.x86_64.rpm
xmedcon-0.16.2-1.x86_64.rpm

Puis installe celui là, et normalement, ça devrait être bon.
amide-1.0.6-2.mga7.x86_64.rpm

Apparemment, volpack , xmedcon et amide sont bien dans ma liste des logiciels installés du Centre de Contrôle Mageia.
Amide apparaît dans la liste des favoris, je peux le lancer, mais quand j'actionne la plupart des fonctions, il plante sans laisser de message apparent.
   
Jybz Membre non connecté

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Le 12/10/2019 à 11h14
Je ne sais pas où on va hein ! Le débogage d'application graphique, je ne connais pas.

Peux tu lancer cette commande depuis un terminal :

G_MESSAGES_DEBUG=all amide | tee -a ~/informations.log

puis nous copier/coller le contenu du fichier informations.log du dossier utilisateur ici sur le forum, de préférence entre les balises [ code] [ /code] (sans espace).
   
mabthera Membre non connecté

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Le 12/10/2019 à 12h01
Voilà, c'est un peu long (la commande lance Amide, mais l'accès à la commande fichier le fait planter) :
PS : je crois qu'il ne faut pas mettre d'espace avant code.

Code :
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.068: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.068:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.068:     Dimensions: 90 x 90
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.068:     Rowstride: 360, Length: 32424
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.068:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.069: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.069:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.069:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.069:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.069:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.080: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Dimensions: 64 x 64
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Rowstride: 256, Length: 16408
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Copy pixels == false
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081: gdk_pixbuf_from_pixdata() called on:
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Encoding raw
(amide:4843): GdkPixbuf-DEBUG: 11:53:19.081:     Dimensions: 64 x 64
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Jybz Membre non connecté

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Modérateur

Inscrit le : 10/10/2018 à 10h26

Messages: 1911

Le 12/10/2019 à 12h56
mabthera :
Voilà, c'est un peu long (la commande lance Amide, mais l'accès à la commande fichier le fait planter) :

L'accès à la commande fichier fait planter ? Sans erreurs ?
C'est dommage, rien n'indique un problème...
mabthera :

PS : je crois qu'il ne faut pas mettre d'espace avant code.

Oui, c'est que je voulais dire avec (sans espace), mais si je l'écrivais sans espace, le forum aurait interprété les balises et affihcé un espace dans un block code, sans afficher la syntaxe de la balise.
   
mabthera Membre non connecté

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Inscrit le : 10/06/2019 à 11h58

Messages: 70

Le 12/10/2019 à 14h14
Qu'est-ce qu'il faudrait faire pour qu'il apparaisse dans la liste des applications affichées suite à clic droit sur un fichier dcm ?
PS : Amide apparait bien dans les applications du centre de contrôle, je peux le mettre dans les favoris, mais il n'est pas dans la liste recensée dans le menu contextuel. Edité par mabthera Le 12/10/2019 à 14h18
   
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